A公司总部在北京，在南京设有分公司，在南京当地聘请了员工李某，劳动合同履行地在南京。2011年A公司因为李某违纪解除了与李某的劳动合同。李某不服，向南京当地的劳动仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决后，李某对裁决结果比较满意。而A公司不服，提出应由北京某区劳动争议仲裁委员会受理为由管辖异议，并同时向北京某区的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

问题：
根据《劳动争议调解仲裁法》及相关劳动法律法规规定，本案管辖权应如何确定？为什么？