甲公司将其一项发明专利申请转让给乙公司，双方签订了书面协议，但未办理登记。在申请专利过程中，发现一份与甲公司所申请的发明专利基本类似的专利申请被知识产权局受理，且在甲公司专利申请之前公开，知识产权局要求甲公司在规定期限内陈述意见或者对申请进行修改。由于甲公司未在规定期限内进行陈述意见，故其专利申请被视为撤回。为履行专利申请权转让合同，双方发生纠纷。下列说法正确的是（ ）。