甲于2012年1月5日在乙银行填了一张10000元的活期存单，连同10000元现金交给储蓄员丙。丙第一次清点无误后，交给旁边实习生丁再次清点，丁清点后发现只有9900元，遂只开了9900元的存单。甲提出异议，与银行交涉无果，遂向法院起诉。银行在答辩中声称其内部文件规定“两人临柜，复核为准”，故只承认甲存入9900元。

问：（1）甲与乙银行之间的储蓄合同是否成立？为什么？

（2）银行内部文件规定“两人临柜，复核为准”的法律效力如何？

（3）本案该如何处理？