前几年，为适应形势发展和机构改革的需要，某自治州委、州政府做出了合并该州传染病医院与结核病防治所的决定。但合并后不到半年，内部的矛盾就出现了：首先在经费上的矛盾。自合并以后，省结核病防治部门认为，合并后的结核病防治机构已由原来的防疫性质变为了医疗性质，其防治费用的补助，应由地方财政按病床给予补贴；而地方财政认为，结核病防治应由省投资防治经费。由于省、州两家在经费问题上互相推诿，单位得不到应有的补助，致使工作受到影响。其次，工作性质上的矛盾。医院是医疗性质，而结核病防治是防疫性质的，所以在经费、人力、物力、工作任务上都不便安排，上级下达的工作任务，特别是下达的结核病防治方面指令性的任务很难落实，省“结防”部门对此意见很犬，医院的医务人员意见也很大。面对这种情况，医院的领导很为难，不合并吧，上级的决定又不能违反；合并吧，工作性质不同，内部的矛盾重重，在一个单位难以维持下去。鉴于这些情况，州卫生局对该院前段的工作进行了认真的总结，权衡利弊后，将情况及时向州委、州政府作了汇报，拿出了本局的意见，结果州委、州政府还是同意了州卫生局的意见，将合并的两个单位重新分开。分开后，各自的工作运转正常，事业上都有一定的发展。尽管这样人们还是担心，像这样的分分合合几时能休?
请运用行政职能理论分析某自治州传染病与州结核病防治所合并为什么会失败，我们应该从中吸取什么教训?