A公司是B市的纳税大户，员工超过2000人，其董事长和总经理分别是当地人大代表和政协委员。A公司长期向某河流超标排污，被附近居民多次举报。2009年1月，当地环保部门责令A限期治理，期限为1年。1年之后，环保部门发现A公司并未完成治理任务。考虑到A公司对B市财政和就业的重要性，环保部门决定继续责令A公司限期治理。问题：环保部门的做法是否合法?若合法请说明理由，若不合法请指出不合法之处并说明理由。